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La regla de prorrata tendrá dos modalidades de aplicación: general y especial.
Uno: La regla de prorrata general se aplicará cuando no se den las circunstancias indicadas en el apartado siguiente.
Dos: La regla de prorrata especial será aplicable en los siguientes supuestos:
1. Cuando los sujetos pasivos opten por la aplicación de dicha regla en los plazos y forma que se determinen reglamentariamente.
2. Cuando el montante total de las cuotas deducibles en un año natural por aplicación de la regla de prorrata general exceda en un 10 por 100 o más del que resultaría por aplicación de la regla de prorrata especial.
Ejemplo: Una persona empresaria que actúa en los sectores de la construcción y de actividades médicas presenta durante el ejercicio N los siguiente datos (Cuotas soportadas al 21%).
Utilidades en la actividad de construcción: 525€
Utilizados en la actividad médica: 315€
Utilizados en las dos actividades: 420€
Total cuotas soportadas: 1260

Operaciones sujetas y no exentas: 798€
Exportaciones: (Base imponible 5.000€): 0€
Exentas con exención limitada: (Base imponible 3.500€) 0€
Además de estas operaciones, se ha recibido una subvención (forman parte de la base imponible cuando están vinculadas directamente al precio) por importe de 2.500€ vinculada al precio. 
El cálculo de la prorrata general sería el siguiente: (798/0,21)+5000+2500)/((798/0,21)+5000+3500+2500= 0,7635=77%
La deducción de acuerdo con la prorrata general sería: 1260€ X 0,77= 970,2€
La prorrata especial sería = 525 + (420x0,77) =  848,40€
En el ejemplo sale mejor la prorrata general, pero hay que comprobar si la deducción con la prorrata general excede de los 10%. Para eso, multipicamos por 1,10 el resultado de la deducción de la prorrata especial, es decir, 1,1 x 848,40 = 933,24 (límite). En este caso, excede del 10% de la que procederia según prorrata especial. Estará obligado a aplicar prorrata especial.

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